Erzherzog Franz Ferdinand will auch im Tod nicht von seiner Frau, Herzogin Sophie von Hohenberg, getrennt sein, ihr aber bleibt aufgrund ihrer Unebenbürtigkeit die Beisetzung in der Kapuzinergruft verwehrt.
Den direkten Anlass zum Gruftbau gibt die Totgeburt eines vierten Kindes im Herbst 1908. Der kleine Sarg wird vorübergehend in einem Vorraum der Schlosskirche aufgestellt.
1909 erteilt Erzherzog Franz Ferdinand den Auftrag zur Errichtung der Familiengruft unter dem Vorplatz der Schlosskirche: Visavis einer kleinen Kapelle wird ein schlichter Raum erbaut, die Särge sollen nach dem Willen des Thronfolgers einfach am Boden nebeneinander gestellt werden. Zwölf haben darin Platz.
Bereits kurze Zeit nach der Beisetzung Franz Ferdinands und Sophies am 4. Juli 1914 wird die Gruft zu einem Wallfahrtsort. Der Vormund der drei Waisen beschließt, der Gruft ein würdigeres Gepräge zu geben.
Neue, monumentale Sarkophage aus Untersberger Marmor werden 1917 hergestellt. Der kleine Sarg des toten Kindes, der bisher zwischen jenen der Eltern steht, wird in einer verschlossenen Wandnische verwahrt.
1955/56 wird die Gruft unter dem Kirchturm und der Schloss-Südterrasse aufwendig erweitert.
Heute ruhen hier bereits auch die Söhne des Thronfolgers mit ihren Frauen sowie dessen Enkel.
